Antropológicamente, Villar del Río y su entorno era una impresionante fortaleza natural. Ocupaba el centro de un gran anfiteatro que, según los paleontólogos, fue un lago que se desecó al formarse el desfiladero del Cidacos. El "valle", rodeado por todas partes de montañas escarpadas, es tierra de excelentes pastos con espacios de bastante buena agricultura. 

El acceso hasta él en tiempos de guerra, era impensable por la aspereza del terreno y sobre todo por estar ocupado por una red de fuertes asentamientos como el de Enciso. En la época celtibérica -tribu de los pelendones- tuvo la mayor densidad de población de todos los tiempos. Su "capital" era El Villar del Río con otra ciudad fuerte que era "El Castillo" de La Laguna. 

Aunque nadie ha hablado de ello, es indudable el papel estratégico de esta zona en las guerras numantinas como fuente de aprovisionamiento y hasta reserva de guerreros. 

A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional, entonces conocido como Villaseca Bajera en la región de Castilla la Vieja, partido de Ágreda que en el censo de 1842 contaba con 64 hogares y 244 vecinos. 
 
A finales del siglo XX crece el término del municipio porque incorpora a Bretún, con Valduerteles; La Cuesta, con Aldealcardo; Diustes, con Camporredondo; Huérteles, con Montaves y Villar de Maya, con Santa Cecilia.